| Kaitseala | Kaitseala tüüp | Pindala (ha) | |
| kokku | s.h akvatoorium | ||
| Kõrvemaa | VK | 21500 | 0 |
| Nigula | LKA | 4656 | 0 |
| Soomaa | RP | 36890 | 0 |
| Hiiumaa laiud | MKA | 2663 | 2135 |
| Otepää | MKA | 22430 | 0 |
| Lahemaa | RP | 72500 | 25090 |
| Alam-Pedja | LKA | 25850 | 0 |
| Endla | LKA | 7591 | 0 |
| Viidumäe | LKA | 1846 | 0 |
| Karula | RP | 11045 | 0 |
| Haanja | MKA | 16860 | 0 |
| Matsalu | LKA | 48600 | 28480 |
| Vilsandi | RP | 23880 | 16240 |
| KOKKU | 296311 | 71945 | |