HELCOM-i ehk Helsinki komisjoni sekretariaat organiseerib Läänemere piirkonna merekeskkonna kaitse konventsiooni elluviimist. Bioloogilise mitmekesisuse kohapealt on oluline Läänemere kaitsealade võrgustiku loomine, mille kaitse peab olema tagatud riiklike kaitsemeetmetega. Eesti ratifitseeris konventsiooni 1995. aastal. HELCOM-i kohta võib täpsemalt lugeda konventsiooni kodulehelt. Eestis on Läänemere kaitsealadeks ehk HELCOM-i aladeks nimetatud 7 ala:
1) Lahemaa;
2) Väinameri;
3) Hiiu madal;
4) Vilsandi;
5) Pakri;
6) Kura kurk;
7) Pärnu laht.

Iga Läänemere kaitseala kohta tuleb koostada kaitsekorralduskava, et tagada looduse kaitse ja loodusvarade säästlik kasutamine. HELCOM-i alad katavad 24% Eesti merealast. Vastavalt keskkonnaregistri andmetele ei ole peale 2011. aastat HELCOM-i alade arvu osas muutuseid toimunud. 31.12.2017 seisuga on Helcomi alade osakaal Eesti merealast näha allpoololeval graafikul: