2017. aasta lõpu seisuga koosneb Eesti Natura 2000 võrgustik 66 linnualast kogupindalaga 1 268 225 ja 541 loodusalast kogupindalaga 1 168 850. Kuna linnu- ja loodusalad Eestis suures osas kattuvad, siis on Eesti Natura 2000 võrgustiku kogupindalaga 1 485 930 ha, mis on 63430 ha võrra suurem kui 2004. aastal. Suuremaid muudatusi on tehtud 2010, 2015 ja 2017. aastal.
Natura 2000 aladest asub merel 678 774 ha, mis moodustab 27% Eesti merealast. Lisaks jääb 82 904 ha Peipsi- ja Võrtsjärvele. Maismaale jääb 724 252 ha ehk 48,7% Natura aladest. Eesti maismaa territooriumist on Natura aladega kaetud 16,7%. 2004-2017. ajavahemikus on Natura alade kogupindala ja merala jaotus näha allpoololeval graafikul:
Natura võrgustikuga kaitstavate loodusväärtuste kaitse tagamiseks tuleb neile aladele koostada kaitsekorralduskavad.